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目前，醫療廢物的處理方法主要包括衛生填埋法、高溫焚燒法、壓力蒸汽滅菌法、化學消毒法、電磁波滅菌法、熱解法、等離子體法等，其處理工藝的影響參數不同也各具優缺點¨。
1 衛生填埋法
衛生填埋法是醫療廢物的最終處置方法，其原理是將垃圾埋入地下，通過微生物長期的分解作用，使之分解為無害的物質。醫療廢物的填埋系統如果沒有防滲措施，各種有毒物質、病原體、放射性物質等會隨雨水滲入土壤，有害物質會通過食物鏈進入人體，危及人類健康。因此，衛生填埋場需經過科學的選址，并用粘土、高密度聚乙烯等材料鋪設防滲層，還必須設置填埋氣的收集和輸出管道，所以采用填埋處理法必須非常慎重，一定按有關規定對醫療廢物進行嚴格的預處理 。
2 高溫焚燒法
醫療廢物主要由有機碳氫化合物組成，含有較多的可燃成分，具有很高的熱值，采用焚燒處理方式具有完全的可行性 。焚燒處理是一個深度氧化的化學過程，在高溫火焰的作用下，焚燒設備內的醫療廢物經過烘干、引燃、焚燒三個階段將其轉化成殘渣和氣體，醫療廢物中的傳染源和有害物質在焚燒過程中可以被有效破壞。焚燒技術適用于各種傳染性醫療廢物，焚燒時要求焚燒爐內有較高而穩定的爐溫，良好的氧氣混合工況，足夠的氣體停留時問等條件 ，同時需要對最終排放的煙氣和殘渣進行無害化處置。
3 壓力蒸汽滅菌法
壓力蒸汽滅菌處理方法的原理是經過分揀和破碎后的醫療廢物在100 kPa，121cc的工藝條件下運行20 rain以上 ]，壓力蒸汽穿透物體內部，使微生物的蛋白質凝固變性而被殺死;處理后的醫療廢物送往衛生填埋場或進行焚燒處理。這種方法也適用于受污染的工作服、注射器、敷料、微生物培養基等的消毒，但是不適宜處理病理性垃圾，如人體組織和動物尸體等，對藥物和化學垃圾的處理效率也不高。
4 化學消毒法
化學消毒法的實質就是將破碎后的醫療廢物與一定濃度的消毒劑(次氯酸鈉、過氧乙酸、戊二醛、臭氧等)混合作用，并保證其與消毒藥劑有足夠的接觸面積和時間 ，有機物在消毒過程中被分解、微生物被殺滅。消毒藥劑與醫療廢物大接觸是保障處理效果的前提。通過使用旋轉式破碎設備提高破碎程度，保證消毒劑能夠將其穿透。化學消毒法適合處理液體醫療廢物和病理方面的垃圾，近也在逐步用于那些無法通過加熱或潤濕進行消毒滅菌的醫療廢物的處理。
5 電磁波滅菌法
電磁波滅菌法包括微波和無線電波兩種方法。微波滅菌法使用2450 MHz的高頻電磁波，而無線電波滅菌法則使用10 MHz的低頻電磁波，其穿透力比微波更強 。電磁波滅菌法的原理是其具有可被水、脂肪、蛋白質吸收的特點，利用微生物細胞選擇性吸收能量的特性，將其置于電磁波高頻振蕩的能量場中，使微生物的液體分子按外加電場的頻率振動，這種振動使細胞膜內的能量迅速增加，產生高溫，終導致細胞的死亡，以此殺死醫療廢物中的病原體。經電磁波處理后的醫療廢物可以作為生活垃圾進行衛生填埋。電磁波滅菌法在美國、澳大利亞、德國和菲律賓都有應用實例。
6 等離子體法
等離子體法是美國在20世紀90年代開始研發用以處理危險廢物的新技術。用于廢棄物處理的等離子體是一種惰性氣體經過電離形成的氣體云，通常稱為物質的第4種狀態。等離子體體系中含大量正負帶電粒子和中性粒子組成 。在等離子體系統中，通入電流使惰性氣體，通過施加能量使氣體發生電離，產生輝光放電，在1/1000秒內即可達到1200～3000℃的高溫，從而使有機廢物迅速脫水、熱解、緩解，產生以氫氣、一氧化碳和烷烴類等混合可燃氣體，再經過二次燃燒，得以破壞垃圾中潛在的病原微生物“ 。等離子體技術可以將醫療廢物變成玻璃狀固體或爐渣，產物可直接進行最終填埋處置。
7 干熱粉碎滅菌法
干熱滅菌是指將物品置于干熱滅菌柜、隧道滅菌器等設備中，利用干熱空氣達到殺滅微生物。目前主要采用遠紅外線干熱消毒設備，處理醫療廢棄物較好采用密封式干熱爐，利用高溫加熱處理某些特殊醫療廢棄物。干熱滅菌時，被滅菌物品應有適當的裝載方式，不能排列過密，以保證滅菌的有效性和均一性 。
8 高溫熱解焚燒法
高溫熱解法的原理是將醫療廢物有機成分在無氧或貧氧的條件下加熱到6OO～900~C，用熱能使化合物的化合鍵斷裂，使大分子量的有機物轉變為可燃性氣體、液體燃料和焦炭的過程。熱解產生的氣體中主要含有氫氣、甲烷、一氧化碳、二氧化碳以及其它烴類和揮發性有機物。
